微滴发生器将含有核酸分子的反应体系形成成干上万个纳升级的滴，其中每个微滴或不含待检核酸靶分子，或者含有一个至数个待检核酸靶分子，且每个微滴都作为一个独立的PCR反应器。经PCR扩增后，采用微滴分析仪逐个对每个微滴进行检测，有英光信号的滴判读为1，没有荧光信号的微滴判读为0,最终根据泊松分布原理以及阳性微滴的比例，分软件可计算给出待检靶分子的浓度或拷贝数。

由于能够确定待检靶分子的绝对数目，因此QX100微滴式数字PC特别适合如下应用:极微量核酸样本检测、表达量微小差异鉴定、microRNA研究、基因组拷贝数鉴定、复杂背最下稀有突变检测、症标志物稀有突变检测、致病微生物鉴定、转基因成分鉴定、NG!测序文库精确定量和结果验证等诸多方面。